Το λειτουργικό σύστημα για το Raspberry pi βασίζεται σε μια έκδοση του λειτουργικού συστήματος Linux. To Linux είναι ένα ανοικτού κώδικα λειτουργικό σύστημα το οποίο βασίζεται στο UNIX που έχει αναπτυχθεί με συνεργασία πολλών εταιρειών και πανεπιστημίων. Το χαρακτηριστικό αυτών των λειτουργικών συστημάτων είναι το Command Line Inteface στο οποίο εισάγουμε τις εντολές και δεδομένα από το πληκτρολόγιο. Γι’ αυτό το λόγο δεν είναι φιλικό προς το χρήστη διότι πρέπει να θυμόμαστε τις εντολές που πρέπει να πληκτρολογούμε.

Με το Raspberry Pi μπορούμε να δουλέψουμε στη διεπαφή γραμμής εντολών ή στη διεπαφή γραφικού περιβάλλοντος. Όμως όταν είμαστε σε γραφικό περιβάλλον το Raspberry pi μας επιτρέπει να εργαστούμε σε γραμμή εντολών μέσα από το παράθυρο LXTerminal το οποίο μπορούμε να το ανοίξουμε από το αντίστοιχο εικονίδιο που βρίσκεται στην μπάρα εργασιών. Όταν είμαστε στη διεπαφή της γραμμής εντολών μπορούμε να πάμε στο γραφικό περιβάλλον με την εντολή startx της γραμμής εντολών.

Μπορούμε να ρυθμίσουμε το RPi να μπαίνει αυτόματα σε κατάσταση γραμμής εντολών ή σε κατάσταση γραφικού περιβάλλοντος πληκτρολογώντας την εντολή:

pi@raspberrypi4: ~ $ sudo raspi-config

στη γραμμή εντολών είτε στην μια είτε στην άλλη διεπαφή.  Από το αναδυόμενο πλαίσιο διαλόγου πρώτα επιλέγουμε:

1 System Options

εμφανίζεται ένα νέο παράθυρο από όπου επιλέγουμε:

S5 Boot / Auto Login

Μόλις το επιλέξουμε έχουμε δυο επιλογές:

B2 Console Autologin
B4 Desktop Autologin

Με την πρώτη επιλογή το RPi μπαίνει σε κατάσταση γραμμής εντολών κατά την εκκίνηση, ενώ με τη δεύτερη επιλογή σε κατάσταση γραφικού περιβάλλοντος.

Όταν είμαστε σε γραφικό περιβάλλον για να μπορέσουμε να εμφανίσουμε το παράθυρο της γραμμής εντολών επιλέγουμε το εικονίδιο LXTerminal της μπάρας εργασιών. Μόλις το ανοίξουμε το πρώτο πράγμα που βλέπουμε είναι το prompt και συγκεκριμένα τη θέση στην οποία εισάγουμε εντολές με τους χαρακτήρες να εισάγονται πάνω στον κέρσορα. Πριν από τη θέση του κέρσορα βλέπουμε το pi@raspberrypi4 το οποίο δηλώνει ότι έχουμε συνδεθεί σαν χρήστης pi στον υπολογιστή με όνομα raspberrypi4. Αυτός ο τρόπος  βοηθά στην διασύνδεση του υπολογιστή σε δίκτυο.

Αμέσως μετά το όνομα του υπολογιστή, εμφανίζεται μια άνω κάτω τελεία, και μετά το σύμβολο κυματοειδής παύλα ή περισπωμένη (~), το οποίο δηλώνει ότι είμαστε μέσα στον κατάλογο χρήστη το οποίο έχει όνομα pi. Το σύμβολο του δολαρίου στο τέλος δηλώνει ότι είμαστε απλοί χρήστες και όχι υπερχρήστες. Ο κατάλογος χρήστη είναι ο προσωπικός χώρος του χρήστη όπου διατηρεί τα αρχεία του.

Η δενδροειδής δομή του συστήματος καταλόγων και αρχείων του RPi αρχίζει με το κατάλογο root που αναγνωρίζεται με το σύμβολο «/» και κάτω από αυτό δομούνται οι υποκατάλογοι και τα αρχεία. Ακριβώς κάτω από τη ρίζα έχουμε τους καταλόγους όπως bin, boot, dev, etc, home, lib, lost+found, media, mnt, opt κ.ά.

Ό σημαντικότερος κατάλογος για το χειρισμό του RPi είναι ο home ο οποίος περιέχει υποκαταλόγους για κάθε χρήστη του συστήματος. Όταν βρισκόμαστε στο κατάλογο χρήστη pi η πλήρη διαδρομή από τη ρίζα είναι /home/pi. Ο κατάλογος του χρήστη pi συμβολίζεται με «~». Για να κάνουμε τρέχον τον κατάλογο χρήστη pi πληκτρολογούμε όπου κι αν είμαστε: cd ~

Για να εμφανίσουμε το τρέχον μονοπάτι της δενδροειδής μορφής που βρισκόμαστε πληκτρολογούμε την εντολή pwd στην γραμμή εντολών. Αν ο τρέχον κατάλογος είναι του χρήστη pi με την εντολή pwd παίρνουμε το μονοπάτι /home/pi