Το λειτουργικό σύστημα για το Raspberry pi βασίζεται σε μια έκδοση του λειτουργικού συστήματος Linux. To Linux είναι ένα ανοικτού κώδικα λειτουργικό σύστημα το οποίο βασίζεται στο UNIX το οποίο έχει αναπτυχθεί με συνεργασία πολλών εταιριών και πανεπιστημίων. Το χαρακτηριστικό αυτών των λειτουργικών συστημάτων είναι το Command Line Inteface στο οποίο εισάγουμε τις εντολές και δεδομένα από το πληκτρολόγιο. Γι’ αυτό το λόγο δεν είναι φιλικό προς το χρήστη διότι πρέπει να θυμόμαστε τις εντολές που πρέπει να πληκτρολογούμε.

Το λειτουργικό σύστημα του Raspberry pi περιέχει και γραφικό περιβάλλον αλλά αρκετοί προγραμματιστές χρησιμοποιούν την γραμμή εντολών διότι παρέχει περισσότερη ευελιξία και περισσότερες επιλογές.

Όταν τροφοδοτούμε το Raspberry pi με τάση αυτό μπαίνει είτε σε κατάσταση της γραμμής εντολών ή στο γραφικό περιβάλλον. Για να ρυθμίσουμε αν το RPi θα μπαίνει σε κατάσταση γραμμής εντολών, πληκτρολογούμε στην γραμμή εντολών την εντολή:

pi@raspberrypi4: ~ $ sudo raspi-config

και πατάμε enter.  Από το πλαίσιο διαλόγου επιλέγουμε:

1 System Options  ->  S5 Boot / Auto Login

Όταν είμαστε σε γραφικό περιβάλλον για να μπορέσουμε να εμφανίσουμε το παράθυρο της γραμμής εντολών επιλέγουμε το εικονίδιο LXTerminal της μπάρας εργασιών. Μόλις το ανοίξουμε το πρώτο πράγμα που βλέπουμε είναι το prompt και συγκεκριμένα τη θέση στην οποία εισάγουμε εντολές με τους χαρακτήρες να εισάγονται πάνω στον κέρσορα. Πριν από τη θέση του κέρσορα βλέπουμε το pi@raspberrypi4 το οποίο δηλώνει ότι έχουμε συνδεθεί σαν χρήστης pi στον υπολογιστή με όνομα raspberrypi4. Αυτός ο τρόπος  βοηθά στην διασύνδεση του υπολογιστή σε δίκτυο.

Αμέσως μετά το όνομα του υπολογιστή, εμφανίζεται μια άνω κάτω τελεία, και μετά το σύμβολο κυματοειδής παύλα ή περισπωμένη (~), το οποίο δηλώνει ότι είμαστε μέσα στο user directory το οποίο έχει όνομα pi. Το σύμβολο του δολαρίου στο τέλος δηλώνει ότι είμαστε απλοί χρήστες και όχι υπερχρήστες. Το user directory είναι ο προσωπικός χώρος του χρήστη όπου διατηρεί τα αρχεία του.

Η δενδροειδής δομή του συστήματος φακέλων και αρχείων του RPi αρχίζει με το φάκελο root που αναγνωρίζεται με το σύμβολο «/» και κάτω από αυτό δομούνται οι φάκελοι και τα αρχεία. Ακριβώς κάτω από τη ρίζα έχουμε τους φακέλους όπως bin, boot, dev, etc, home, lib, lost+found, media, mnt, opt κ.ά.

Ό σημαντικότερος φάκελος για το χειρισμό του RPi είναι ο home ο οποίος περιέχει υποκαταλόγους για κάθε χρήστη του συστήματος. Όταν βρισκόμαστε στο φάκελο χρήστη pi η πλήρη διαδρομή από τη ρίζα είναι /home/pi. Ο φάκελος του χρήστη pi συμβολίζεται με «~». Για να κάνουμε τρέχον τον φάκελο χρήστη pi πληκτρολογούμε όπου κι αν είμαστε: cd ~

Για να εμφανίσουμε το τρέχον μονοπάτι της δενδροειδής μορφής που βρισκόμαστε πληκτρολογούμε την εντολή pwd στην γραμμή εντολών. Αν ο τρέχον φάκελος είναι του χρήστη pi με την εντολή pwd παίρνουμε το μονοπάτι /home/pi