Το λειτουργικό σύστημα για το Raspberry Pi βασίζεται σε μια έκδοση του λειτουργικού συστήματος Linux. To Linux είναι ένα ανοικτού κώδικα λειτουργικό σύστημα το οποίο βασίζεται στο UNIX και έχει αναπτυχθεί με συνεργασία πολλών εταιρειών και πανεπιστημίων. Το χαρακτηριστικό αυτών των λειτουργικών συστημάτων είναι η γραμμή εντολών (Command Line Inteface) στο οποίο εισάγουμε τις εντολές και δεδομένα από το πληκτρολόγιο. Γι’ αυτό το λόγο δεν είναι φιλικό προς το χρήστη διότι πρέπει να θυμόμαστε τις εντολές που πρέπει να πληκτρολογούμε.

Με την εργασία μας στο Raspberry Pi έχουμε την δυνατότητα να εισάγουμε εντολές στη διεπαφή γραμμής εντολών (κονσόλα) ή στη διεπαφή γραφικού περιβάλλοντος (GUI Graphical User Interfase). Στην περίπτωση που είμαστε σε γραφικό περιβάλλον, το Raspberry Pi μας επιτρέπει να εργαστούμε σε διεπαφή γραμμής εντολών μέσα από το παράθυρο Terminal το οποίο μπορούμε να το ανοίξουμε από το αντίστοιχο εικονίδιο που βρίσκεται στην μπάρα εργασιών.

Όταν είμαστε στη διεπαφή της γραμμής εντολών (κονσόλα) μπορούμε να πάμε στο γραφικό περιβάλλον πληκτρολογώντας την εντολή sudo startx στην γραμμή εντολών. Όταν είμαστε στη διεπαφή γραφικού περιβάλλοντος, με τον συνδυασμό πλήκτρων Ctrl+Alt+F1 περνάμε στην διεπαφή της γραμμής εντολών (κονσόλα).

Μπορούμε να ρυθμίσουμε το RPi να μπαίνει αυτόματα σε διεπαφή γραμμής εντολών ή σε διεπαφή γραφικού περιβάλλοντος πληκτρολογώντας την εντολή:

στη γραμμή εντολών είτε στην μια είτε στην άλλη διεπαφή.  Από το αναδυόμενο πλαίσιο διαλόγου πρώτα επιλέγουμε: 1 System Options

Εμφανίζεται ένα νέο παράθυρο από όπου επιλέγουμε: S5 Boot

Μόλις το επιλέξουμε έχουμε δυο επιλογές: B1 Console Text console ή B2 Desktop Desktop GUI

Με την πρώτη επιλογή το RPi μπαίνει σε διεπαφή γραμμής εντολών κατά την εκκίνηση, ενώ με τη δεύτερη επιλογή σε διεπαφή γραφικού περιβάλλοντος κατά την εκκίνηση.

Στη συνέχεια, εμφανίζεται ένα παράθυρο που μας ζητά, αν θέλουμε, να κάνουμε Επανεκκίνηση

Όταν είμαστε σε γραφικό περιβάλλον για να μπορέσουμε να εμφανίσουμε το παράθυρο της γραμμής εντολών επιλέγουμε το εικονίδιο Terminal της μπάρας εργασιών.

Μόλις ανοίξουμε το παράθυρο της γραμμής εντολών ή μπούμε στο περιβάλλον κονσόλας, το πρώτο πράγμα που βλέπουμε είναι το prompt εισαγωγής εντολών, όπως ακολουθεί:

Οι χαρακτήρες των εντολών εισάγονται στη θέση που δείχνει ο κέρσορας μετά το σύμβολο $. Η προτροπή (prompt) εισαγωγής εντολών αποτελείται από τα εξής:
pi : είναι το όνομα χρήστη (user).
raspberrypi : είναι το hostname του συστήματος (όνομα συσκευής).
~ : το σύμβολο περισπωμένης (~) δηλώνει ότι είμαστε μέσα στον κατάλογο χρήστη ο οποίος έχει όνομα pi. Ο κατάλογος χρήστη είναι ο προσωπικός χώρος του χρήστη όπου διατηρεί τα αρχεία του.
$ : το σύμβολο δολαρίου δείχνει ότι πρόκειται για απλό χρήστη και όχι υπερχρήστη (αν ήταν root θα είχε το σύμβολο #).

Η δενδροειδής δομή του συστήματος καταλόγων και αρχείων του RPi αρχίζει με το κατάλογο root που αναγνωρίζεται με το σύμβολο «/» και κάτω από αυτό δομούνται οι υποκατάλογοι και τα αρχεία. Ακριβώς κάτω από τη ρίζα έχουμε τους καταλόγους όπως bin, boot, dev, etc, home, lib, lost+found, media, mnt, opt κ.ά. Για να κάνουμε τρέχον κατάλογο εκείνο της ρίζας (root) πληκτρολογούμε όπου κι αν είμαστε: cd /

Ό σημαντικότερος κατάλογος για το χειρισμό του RPi είναι ο home ο οποίος περιέχει υποκαταλόγους για κάθε χρήστη του συστήματος. Όταν βρισκόμαστε στο κατάλογο χρήστη pi η πλήρη διαδρομή από τη ρίζα είναι /home/pi. Ο κατάλογος του χρήστη pi συμβολίζεται με «~». Για να κάνουμε τρέχον τον κατάλογο χρήστη pi πληκτρολογούμε όπου κι αν είμαστε: cd ~

Για να εμφανίσουμε το τρέχον μονοπάτι της δενδροειδής μορφής που βρισκόμαστε πληκτρολογούμε την εντολή pwd στην γραμμή εντολών. Αν ο τρέχον κατάλογος είναι του χρήστη pi με την εντολή pwd παίρνουμε το μονοπάτι /home/pi